En la actualidad, el río Motagua es el cauce principal de la cuenca del mismo nombre, y se estima que su caudal alcanza los 6 mil 500 millones de metros cúbicos anuales.
Durante su curso atraviesa los departamentos de Quiché, donde nace Alta Verapaz y Baja Verapaz, Totonicapán, Sololá, Chimaltenango, Sacatepéquez, Guatemala, Jutiapa, Jalapa, Zacapa, El Progreso Chiquimula e Izabal, donde finaliza en el Océano Atlántico.
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A lo largo de su tramo, que cruza montañas, pueblos y carreteras, arrastra toneladas de plástico, aluminio, duroport, residuos de madera y ahora hasta desechos sanitarios que deja la pandemia.
Según los conocedores del área, esta basura llega al Motagua principalmente de dos ríos: el Chinautla y Las Vacas, que en su paso por el basurero de la zona 3 en la Ciudad de Guatemala arrastran más del 50% del total de los contaminantes.
